외계인의 침공이 있었던 지구 최후의 날 이후,
모두가 떠나버린 지구의 마지막 정찰병인 '잭 하퍼'(톰 크루즈)는 임무를 수행하던 중 정체불명의 우주선을 발견한다. 그곳에서 자신이 누군지 알고 있는 한 여인(올가 쿠릴렌코)을 만나 기억나지 않는 과거 속에 어떤 음모가 있었음을 알게 된 잭. 그는 적인지 동료인지 알 수 없는 지하조직의 리더(모건 프리먼)를 통해 자신을 둘러싼 모든 것에 의심을 품기 시작하고 지구의 운명을 건 마지막 전쟁을 시작하는데…