쿠바의 관타나모 기지(United States Naval Base, Guantanamo Bay, Cuba)에서 산티아고 사병이 2명의 해병에게 거친 폭행 끝에 죽는 사건이 발생한다. 이 사건은 즉각 워싱턴에 보고되고, 합의에 의한 사건 해결이 뛰어난 캐피 중위(Lieutenant Daniel Alistair Kaffee: 톰 크루즈 분)에게 맡겨진다. 그는 이 사건을 위해 겔로웨이 소령(Lieutenant Commander JoAnne Galloway: 데비 무어 분)과 한 팀이 되는데, 겔로웨이는 캐피와 달리 합의보다는 진실을 추구하기 때문에 두 사람은 매번 충돌한다. 하지만 그녀에게 떠밀려 조사를 계속하던 캐피는 사건의 심각성을 인지하게 되고 이 사건을 법정으로 가져가야 한다는 결론을 내린다.
  문제의 2명의 해병대는 직속 상사 캔드릭(Lieutenant Jonathan James Kendrick: 키퍼 서덜랜드 분)의 비공식적인 명령를 받은 것뿐이라 하지만, 캔드릭이나 제셉 장군(Colonel Nathan R. Jessep: 잭 니콜슨 분)은 그 사실을 부인하고, 유일한 증인 마킨슨(Lieutenant Colonel Matthew Andrew Markinson: J.T. 월쉬 분)의 권총 자살로 사건은 더욱 미궁에 빠진다. 그러나 재판이 진행됨에 따라 캐피는 심판대에 올라야 할 것은 군부 자체가 아닌 제셉 개인이라는 사실을 깨닫는다. 결국 캐피는 제셉을 증언대에 세우고 마지막 싸움을 벌이는데.