극우 백인 우월주의자들의 횡포에 시달리다 결국 목숨까지 잃은 행동주의 목사의 아들로 태어난 말콤 엑스(Malcolm X: 덴젤 워싱톤 분)는 흑인들에 대한 백인들의 편견 속에서 보스턴의 뒷골목을 전전하며 살아간다. 말콤의 어머니는 자긍심이 강한 여성이나 그녀의 어머니가 백인한테 당한 결과가 자신이었기에 백인을 증오하고 흑인 얼(Earl Little: 토미 홀리스 분)을 택했다.
  말콤은 어느 날 우연히 댄스 파티에서 만난 백인 여자 소피아와 눈이 맞아 방탕한 생활 속으로 더욱 깊이 빠져 들어간다. 흑인 폭력배 인디안 아치 밑으로 들어간 말콤 엑스는 소피아, 친구 소티(Shorty: 스파이크 리 분) 등과 함께 남의 집에 들어가 도둑질을 하다 붙잡혀 법원에서 8년에서 최고 10년형을 언도받고 감옥에 갇히는 신세가 된다. 그러나 감옥에서 만난 흑인 회교 경건주의자 베인스의 소개로 당시 흑인들의 희망처럼 떠오르고 있던 이슬람교의 한 지파의 교주인 엘리야 무하마드를 알게 되어 깊은 감동을 받은 나머지 이슬람교에 귀의하여 출감 후 특유의 언변과 속에서 끓어오르는 울분의 토로로 엘리야 무하마드의 가르침을 전파하고 백인들에 대한 저항 운동을 이끄는 회교 행동주의 전도사로 변신한다. 말콤 엑스의 인격과 신앙심, 그리고 언변에 이끌려 많은 소외된 흑인들이 엘리야 무하마드 밑으로 구름떼처럼 몰려들고 말콤 엑스는 참한 흑인 아가씨 베티(Betty Shabazz: 안젤라 바셋 분)를 만나 결혼을 하고 두 아이의 아버지가 되기까지 한다.
  교세가 점점 확장되는 가운데 엘리야 무하마드가 소외된 흑인들의 신앙을 이용하여 사리 사욕을 채우고 여자 관계가 복잡하며 부를 축적하는 데에만 관심이 많다는 이상한 소문이 떠돌자 이를 믿지 않던 말콤 엑스는 자기 눈으로 직접 그 소문이 사실이었음을 확인하고 깊은 실의에 빠져 성지 메카로 순례를 떠난다. 다시 미국으로 돌아온 말콤 엑스는 엘리야 무하마드 추종 세력의 끊임없는 협박에 시달리면서도 이슬람교의 근본 교리와 백인들에 대한 저항 운동을 계속하다 마침내 엘리야 무하마드의 행동 대원들인 암살자 벤자민(Benjamin 2X: 쟌 라마르 분)과 윌리엄 X(William X: 마이클 게스 분)가 말콤의 가슴에 기관총을 발사한다. '아프로-아메리칸 말콤은 이미 수년전부터 니그로가 아니었다'는 나레이션이 길게 이어지는 속에 그의 생애가 스쳐지나간다. '그가 뿌린 한알의 씨앗은 다시 싹이 틀것을 확신한다.'는 나레이션과 낡은 국민학교 교실, 말콤 X의 생일을 알려주며 위대한 아프로 아메리칸의 생애를 알려주는 교사와 꼬마들.